Glücklicherweise ist die Augenuntersuchung an sich nicht schmerzhaft. In der Regel läuft sie so ab:

Zuerst fragen wir Sie über die Vorgeschichte Ihres Tieres und der jetzigen Auffälligkeit (Erhebung der Anamnese). Nach Möglichkeit bringen Sie hierzu die Befunde eventuell bereits anderswo erfolgter Untersuchungen und auch die bisher verabreichten Medikamente mit.

Insbesondere Hunde sind ebenso wie Menschen häufig von einem Trockenen Auge betroffen. Deshalb wird anschließend nach einem ersten Blick mit dem Spaltlampenbiomikroskop meist zunächst eine Messung der Tränenmenge durchgeführt. Nach diesem „ Schirmer-Tränen-Test“ und einer genaueren Betrachtung des Kopfes und der Augenstellung aus etwas Entfernung wird eine genaue Untersuchung der Augenumgebung, der Augenoberfläche und der vorderen Augenabschnitte (bis etwa zum vorderen Teil des Glaskörpers) mit dem Spaltlampen-Biomikroskop durchgeführt, das heißt die Augen Ihres Tieres mit verschiedenen Lichtern untersucht. Hierbei werden gleichzeitig die Pupillenreflexe (Verengung der Pupille bei Lichteinfall) und der Blendreflex (Schließen des Auges oder Zwinkern bei hellem Licht) geprüft. Das Testen der sogenannten Drohreaktion ist eine Möglichkeit zu prüfen, ob Ihr Tier sieht. Allerdings ist die Drohreaktion bei jungen Hunden und Katzen häufig erst im Altern von mindestens 12 Wochen auslösbar.

Mit einem speziellen Farbstoff (Fluoreszein) kann dann geprüft werden, ob sich die Hornhaut des Auges stellenweise anfärben lässt (Fluoreszeintest), ob eine eventuelle Wunde der Hornhaut Kammerwasser austreten lässt (Seidel-Test) und ob die Tränennasenkanäle durchgängig sind (Jones-Test).

Die Messung des Augeninnendrucks mit einem Tonometer erfordert eine leichte Berührung der Hornhaut mit dem Gerät. Hierzu kann je nach Tonometer eine vorherige Betäubung der Hornhautoberfläche mit einem Tropfen Oberflächenanästhetikum nötig sein.
Eine komplette allgemeine Untersuchung des Auges wird dann mit der Untersuchung der hinteren Augenabschnitte mit einem direkten oder indirekten Ophthalmoskop abgeschlossen. Je nach Weite der Pupille kann es nötig sein, hierzu zunächst einen Tropfen eines pupillenerweiternden Mittels zu geben. Meist stellt die Pupille dann innerhalb einer halben Stunde weit. Individuell und vor allem bei entzündlichen Reaktionen im Auge kann dies aber auch deutlich länger dauern. Bei der Ophthalmoskopie wird der hintere Bereich des Glaskörpers und der Augenhintergrund, d.h. die Netzhaut (Retina) sowie der Eintrittspunkt des Sehnervens ins Auge beurteilt. Bei einigen Tieren mit wenig Pigment in der Netzhaut ist auch die Aderhaut (Choroidea) sichtbar.

Die Messung des Augeninnendrucks und die Ophthalmoskopie sind nicht bei jeder Fragestellung unbedingt nötig, jedoch ist ohne diese Untersuchungen keine genaue Aussage über den Augeninnendruck und den Zustand des Augenhintergrunds möglich.
Je nach Symptomatik und Fragestellung können noch spezielle weitere Untersuchungen nötig sein, z.B. Spülung des Tränennasenkanals, Untersuchung des Kammerwinkels, Ultraschalluntersuchung des Auges, ein Elektroretinogramm (ERG) zur Prüfung der Netzhautfunktion, Probennahme zur zytologischen Untersuchung u.a.. Eine fotografische Dokumentation kann insbesondere bei bestimmten chronischen Erkrankungen der Hornhaut, der Iris oder des Augenhintergrunds zur Verlaufskontrolle sinnvoll sein.